存儲功能：要求配備一定的儲存設施和設備。由于南京物流專線中所涉及的很多作業環節如運輸、配送等都要與倉儲活動相聯系，所以存儲的職能是必不可少的，它保證了物流活動的開展，具有支撐作用。

  分揀功能：當供應商的貨物以大包裝、粗包裝進庫時，根據物流需要，在南京物流專線進行分揀和小包裝加工，優化外包裝，提高商品附加值。

  拼箱、拆箱功能：實現集裝箱的集零化整，提高集裝箱的裝載率;實現集裝箱的化整為零，貨物分揀后進行零擔配送。

  包裝功能：在南京物流專線內的包裝作業不僅要負責商品的組合、拼裝、加固，形成適于物流和配送的組合包裝單元，必要時還要根據客戶的需要對商品進行必要的商業包裝。

  裝卸、搬運功能：南京物流專線應配備專業化的裝卸、提升、運送、碼垛等裝卸搬運機械，提高裝卸搬運作業效率，減少作業可能對商品造成的損毀。

  運輸、配送功能：對于城際間的貨物運輸，南京物流專線應能提供多式聯運服務以達到最佳運輸模式組合、最高效率、最短路徑、最少時間、最低費用的要求。對于市內貨物配送，主要是能滿足生產商與銷售商之間的配送、生產商或銷售商與超市門店之間的配送、供應商與生產企業之間的配送、電子商務環境下的物流配送服務等，南京物流專線應能提供給客戶不同的配送路線和價格服務，以滿足不同層次客戶的各自需求。